คริสตจักรโปรเตสแต้นท์ในประเทศไทย มีประวัติศาสตร์ย้อนไปตั้งแต่ในปี ค.ศ. 1828 เมื่อศาสนาจารย์จาคอบ ทอมลิน และศาสนาจารย์นายแพทย์คาร์ล กุตสลาฟ เข้ามาเผยแพร่คริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแต้นท์
เป็นครั้งแรกในประเทศสยามในปี ค.ศ. 1840 มิชชันนารีคณะเพรสไบที่เรียนอเมริกันเข้ามาในประเทศไทยและตั้งรากฐานอย่างมั่นคง ในปี ค.ศ. 1847 มิชชันนารีชุดนี้ประกอบด้วย นายแพทย์ซามูเอล เฮาส์
ศาสนาจารย์สตีเฟน และนางแมรี่ แมตตูน มิชชันนารีคณะนี้ได้จัดตั้งคริสตจักรเพรสไบที่เรียนที่หนึ่งกรุงเทพฯ เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1849 ต่อมาได้จัดตั้งเพรสไบเทอรี่แห่งสยามในวันที่ 1 กันยายน ค.ศ. 1858


เมื่อถึงปี ค.ศ. 1861 คณะมิชชันนารีขยายงานไปสู่ภูมิภาคโดยได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่เพชรบุรี โดยการนําของครอบครัวศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารี และครอบครัวศาสนาจารย์ ซามูเอล จี แมคฟาร์แลนด์
เป็นผู้ปฏิบัติงาน ปี ค.ศ. 1867 ครอบครัวของศาสนาจารย์แมคกิลวารี ได้ตั้งมิชชั่นประกาศคริสตศาสนาที่เชียงใหม่ โดยมีครอบครัวของศาสนาจารย์วิลสันเข้าร่วมงานด้วย ครอบครัวมิชชันนารีทั้งสองได้จัดตั้ง
คริสตจักรเพรสไบที่เรียนที่หนึ่งเชียงใหม่ ในวันที่ 18 เมษายน ค.ศ. 1878 ซึ่งเป็นปีที่มีพระบรมราชโองการ เรื่องเสรีภาพทางศาสนา(มีผลบังคับใช้ในเชียงใหม่ ลําพูน และลําปาง)


การประกาศพระกิตติคุณได้ขยายออกไปในภูมิภาคต่างๆ มีการจัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่ ลําปาง ในปี ค.ศ. 1885 ลําพูน(ค.ศ. 1891) แพร่(ค.ศ. 1893) น่าน(ปี ค.ศ. 1895) เชียงราย(ปี ค.ศ. 1899) พิษณุโลก
(ปี ค.ศ. 1899) ภายหลังได้ขยายงานไปยังเขตเชียงตุงของพม่า ในปี ค.ศ. 1904-1908 และเขตเชียงรุ้งของจีน(ค.ศ. 1971-1941) ในปี ค.ศ. 1900 ได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่นครศรีธรรมราช และเมื่อถึงปี ค.ศ. 1910
ได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่ตรัง ซึ่งเป็นศูนย์มิชชันนารีที่ขยายการประกาศคริสตศาสนาไปสู่ ท้องถิ่นที่อื่นๆ ในภาคใต้


ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1932 ได้มีการรวมเพรสไบเทอรี่สยามและลาวเพื่อจัดตั้งองค์กรปกครองคริสตจักรไทยที่เป็นอิสระ มีการรณรงค์และออกวารสาร "ข่าวคริสตจักร" ในปี ค.ศ. 1934 มีการจัดประชุมเพื่อจัดตั้ง
"สภาคริสตจักรในประเทศสยาม" ที่ประชุมได้รับธรรมนูญการปกครองคริสตจักรสยาม ซึ่งกําหนด คริสตจักรประจําชาตินี้ว่า "คริสตจักรในสยาม" มีนโยบายหลัก 3 ข้อ คือ "ประกาศพระกิตติคุณด้วยตนเอง"
"การเลี้ยงตนเอง" และ "การปกครองตนเอง"